O verdadeiro espaço/lugar tem uma natureza/conceito diferente da matéria física (como rua, bairro, restaurante, escola, casa, cidade, município, estado, país, continente, planeta, galáxia e até mesmo o universo, que são considerados físicos) e é uma das estruturas da realidade?

Depende do sentido em que você está usando “espaço/lugar”. Em filosofia e em física há posições diferentes, e não existe um consenso único.

1. “Lugar” (no sentido comum/geográfico/social)

• “Rua, bairro, restaurante, escola…” são lugares porque envolvem significado, função e relações humanas (uso social), mas continuam sendo físicos: são arranjos de matéria/energia ocupando regiões do espaço.
• Nesse sentido, “lugar” não é uma “substância” diferente da matéria; é um conceito relacional (um modo de descrever/organizar partes do mundo físico).

2. “Espaço” como estrutura da realidade (física e metafísica) Aqui entram teses clássicas:

• Substantivalismo (espaço como algo que existe “por si”): o espaço seria uma espécie de “entidade/estrutura” independente dos objetos materiais. Nessa leitura, ele é mais do que matéria e pode ser visto como uma estrutura fundamental.
• Relacionismo (espaço como relações entre coisas): o espaço não é uma coisa separada; ele é apenas o conjunto de relações de distância, posição, ordem entre objetos físicos. Nessa leitura, não há “espaço” como algo adicional à matéria/objetos.

3. Como a física moderna costuma tratar (em linhas gerais)

• Na Relatividade Geral, o “espaço” não é apenas um palco vazio: o que se modela é o espaçotempo, uma estrutura geométrica que pode se curvar e influenciar movimentos. Isso sugere que há um sentido forte de “estrutura da realidade” (não necessariamente “matéria”, mas também não algo puramente mental).
• Mesmo assim, interpretar se isso torna o espaço “uma coisa” (substantivalismo) ou “um conjunto de relações estruturais” (relacionismo/estruturalismo) é uma questão também filosófica.

4. Resposta direta à sua pergunta

• Se por “verdadeiro espaço/lugar” você quer dizer algo ontologicamente distinto da matéria física, isso não é uma conclusão obrigatória: pode ser apenas uma forma de descrever relações e regiões do mundo físico.
• Se você quer dizer uma estrutura fundamental (como o espaçotempo), então sim, há abordagens (sobretudo na física e em algumas filosofias) que tratam o espaço/espaçotempo como parte estrutural da realidade, não reduzível simplesmente a “um objeto material como uma casa”.

Se você me disser em qual sentido você está usando “lugar” (geográfico/social, “região do espaço”, “espaçotempo”, ou algo espiritual/metafísico), eu consigo dar uma resposta mais precisa e com o enquadramento correto (filosofia, física, ou ambos).